El Coro Francisco Salinas cuenta con un extenso repertorio tanto en polifonía religiosa como profana o popular. Así,  ha interpretado obras tan importantes de la polifonía sacra internacional como:  el MESSIAH de Haendel, la Misa de la Coronación o el REQUIEM de Mozart, MISA en Sol mayor de F. Schubert, MISA PONTIFICALIS de L. Perosi, el GLORIA de A. Vivaldi y Ceremony Carols de B. Britten; sin olvidar la vertiente española con obras como Vísperas Comunes de A. Soler, la Misa de F. Palazón o la Misa Popular de J. Jáuregui; y, finalmente, un reconocimiento a los compositores salmantinos como: NAIM de C. Palomo, Misa Salmantina de A. Sánchez, NONAS de Goicoechea o SALMO 22 de J.M. Alcácer.

En polifonía profana ha interpretado diversos fragmentos de varias de nuestras más conocidas zarzuelas, el RETABLO DE S. JUAN de Constancio Palomo, estrenado la CANTATA PARA 50 ANIVERSARIO DE LA UPSA de J. Martínez Fernández y, con la orquesta sinfónica de Extremadura, la cantata coral sinfónica ÁGORA 2005 de Manzano y Legido (composición para conmemorar el 250 aniversario de la Plaza Mayor de Salamanca). 

También cuenta con un extenso repertorio en música popular y folclórica, no solo de nuestra cultura sino de diferentes culturas (sudamericana, anglosajona, hebrea, africana, etc.) y países del mundo